雖然前述文章們談到與同儕的交流是良好獲取靈感的手段，不過大多數研究生對於新領域的了解，還是來對論文的研讀與整理。
今天我們就來談談我是如何蒐集整理文獻的
部落格內另有關於論文評析、學術寫作、提問答問、研究發想、實驗設計等題材的文章，可以參考置頂的最全面的讀研究所攻略：從研究生入學到畢業的10個範疇(2023.8.12更新），會持續更新
關於參考文獻的分類，可以搜尋 “參考文獻”，或到置頂貼查詢
關於閱讀論文的技巧，可參考論文閱讀與評析
有關閱讀論文的工具，可參考[工具]—查paper/論文 app：researcher介面&使用方法介紹
整理文獻的重要性
雖然老生常談一直叫大家多念書，但這邊還是不厭其煩地提下念論文的好處
- 知道其他人在做甚麼、在關心甚麼，顯示出你對領域的關心程度和掌握程度。了解領域大趨勢對於發表期刊有很大幫助，風口上的豬也是會飛的
- 對於相近領域、同領域相競爭的研究室來說，了解對方接下來的研究方向是相當重要的。研究的成果只有第一名沒有第二名，倘若做得比競爭對手慢，損失的不但是金錢、人力、時間成本，有時連研究室的本業都會受到威脅。知己知彼，自然就可以避開對方的研究方向，或是選擇彎道超車
- 對於想找合作夥伴、想找進一步的進修機會來說，會是很重要的點，相近領域或是互補領域的研究室通常可以互相合作，增加曝光度與交流機會
- 許多研究的突破都是來自於對基礎理論深入的了解，對領域的理解程度直接影響到研究的質量，堅實的基礎知識可以協助新想法的迸發
- 在日常事務上像是帶學弟妹、debug時會輕鬆一點
- 可以順帶尋找可用於報semianr/journal club的paper
雖然有人提過論文念太多會導致思維的僵化，但是那是你做一個領域做到幾乎已經完全了解領域套路的時候。你連一個基本發表論文的套路都沒看明白的時候，還是乖乖去念書吧
我要蒐集甚麼樣的文獻
我們在日常研究中會遇到非常多的相關文獻，如果能夠有意識地去蒐集，對於整個研究進度、論文寫作都能產生極大幫助，以下是我覺得幾個很重要一定要留下的類別：
關於研究本身
- 對於了解領域內的最前沿知識，research paper 可以提供最大的幫助。
- 對於想要快速了解一個新領域或是補齊自己領域內有缺漏的基礎，可以參考review 類型的paper。
- 對於連該領域最基礎的部分都一無所知的，可以參考text books。
關於方法傳承
- 跟自己所使用的方法、參考資料有關連的，尤其是在方法優化的時候
- 自己實驗操作或是要教育學弟妹傳承的SOP
- 實驗材料基本資料
關於論文書寫、discussion的觀點
- 發生問題，在除錯使用到的各項文獻或是研究討論區
- 看到的覺得文字使用的很棒的英文文獻
關於各種參考文獻類型的細節部分，可以搜尋 “參考文獻的類型” 或是點選文章頂部的連結
如何有效率蒐集參考文獻
前面講了我們要找甚麼樣的文獻，接下來就是如何有效率的蒐集這些文獻
主動蒐集：關鍵字
善用關鍵字、and、or、年分，配合前述的文獻類型，大概刷個幾次就知道文獻是否蒐的全了。關於關鍵字的搜尋，礙於篇幅之後再開文章來寫吧
被動蒐集：訂閱期刊
- nature briefing、science等頂尖期刊可以訂閱他們的電子報，雖然不一定會看到領域內相關的文章，不過至少能對整個科學界的研究大趨勢有所了解，如果有最新的有趣技術也能夠先看到。
- 可以設定關鍵字訂閱google的文獻，讓他定期寄信給你
- 善用APP：“researcher “ 可以訂閱指定journal的文章摘要，對於更新領域知識以及找可以用來報告的paper可說是相當好用。此外，elsevier自家的app也相當好用，選一個自己喜歡的就行
我要如何整理找到的文獻
找到文獻之後，沒有歸類整理那就跟沒找過一樣，時間一久等你要寫論文時絕對會忘記的，以下是我會筆記的事項：
- 摘要，基本
- 作者的關鍵證據、實驗設計、推論邏輯，這對你寫文獻回顧或discussion很重要
- 論文重要發現與結論
- 論文中用到的技術細節
- 可以使用的英文佳句 (好像高中英文作文的感覺?)
- 如果是相當接近研究主題的文獻，了解一下論文的作者背景還有相關文獻
除此之外，我會將論文PDF檔的標題改成自己一目了然的形式，並且依據類別、論文的類型分類管理。打個比方，如果我要研究 “水溫對泡麵麵條烹煮後軟硬度的影響”，我的文獻歸類可能會長這樣：
- review：[rev] 1-標題-年分
- research：[泡麵水溫] 1-標題-年分
- research：[軟硬度] 1-標題-年分
如此一來在寫論文引用格式調整時，文字間的調動也比較方便，最後再一次用 “取代” 把所有代號都取代成最後格式就行了。
此外，可以善用 mendeley、 endnote等論文書寫軟體，想要排版更精美的可以使用latex，但是無論你使用以上何者，要注意的是參考文獻的格式還是要自己檢查過才行
到底要看多少文獻才是足夠的?
這個很多人討論過，但是沒有標準答案，正確的概念是 “你蒐集到的文獻，要能明白現存領域中重大的發現，並有效定位出你現在研究的位置”
我們可以套用先前在控制組那篇文章中提過的波特五力模型來思考這回事
- 1. 供應商，你的研究發現重要base由何而來?
- 2. 消費者，你下游關注的重要目標為何? 大家關注的又為何? 關注方法為何?
- 3. 替代品，有可能影響到你題目重要性的題目/方法有無?
- 4. 競爭者，相關團隊做的進度如何?
- 5. 潛在進入者，現在的研究環境加上新開發出的特定條件/環境/技術時，有沒有可能有新的結合?
能夠回答這幾點，那你差不多OK了。如果你還是想要知道要看多少才夠，基本上多翻翻近年的幾篇review你就會有個大致的答案了，之後有需要時根據前述的波特五力模型來補齊剩下的部分即可。
實用工具 (21.11.14補充)
若對論文中英文有理解困難的人，可以參考google翻譯app的相機即時辨識翻譯功能，邊看邊轉中文並存儲翻譯結果來彙整文獻。
若有作筆記需求或是需要將紙本內容轉成電子內容 (如課本、研討會發的手冊) 的人，可以利用onenote及google drive的內建OCR功能辨識並複製紙本內容上的文字，再進行編輯
詳情與更多OCR工具可參考電腦玩物原創作者 esor huang（異塵行者）的連結：五款免費中文 OCR 文字辨識軟體下載，建立強大無紙化辦公室
AI工具對文獻搜集與整理的簡論 2023.8.3
以下兩個是目前較為知名的學術論文搜尋AI工具，我試用過後覺得其精準度都還是不如有經驗的搜尋者（比方說針對年份、文獻類型、內容類型），不過若是想要快速休閒式的了解一個領域可以用 （不能拿來當review，常常找到很舊的，若是要指定年份不如自己google較快）
Elicit：https://elicit.org
consensus：https://consensus.app/search/
至於文獻間關聯的整理，ㄧ樣可以參考chatGPT、chatPDF、Claude ai、research rabbit等工具
Chat系列在單純整理重點 “本身” 時還行，同樣必須注意要自行批判。
Claude ai 在整理文獻的部分則因為可以同時上傳多個ＰＤＦ而更加強勢，透過該點可以輕鬆比較多篇文獻的意涵，推薦大家用用看
Research rabbit 則是可用來畫文獻間的心智圖，也推
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