我們在生物實驗上常看到in vivo、in vitro 、ex vivo等字眼，其實這些字眼對於我們在實驗設計、評估一篇論文的成果價值時都很重要，因此有必要將這三者區別開來。
in vivo、in vitro 、ex vivo的定義
今天剛好看到華樂絲討論in vivo, in vitro 與ex vivo差異的文章，連結如下：
https://www.editing.tw/blog/「in-vivo」、「in-vitro」和「ex-vivo」三者間的差異.html
這篇大致上講了三者的定義，也概略提出了區別三者的方式。
我先簡要概述定義如下：
- in vivo，意思是在活體中的，實驗在完整的活得生物體中進行。
- in vitro，意思是在玻璃中的，實驗在生物體外，通常是實驗玻璃器皿中進行。
- ex vivo，意思是活體外的，其定義是“它是指在生物體以外的人工環境中，以最小自然條件的變化在活組織內或活組織上進行的實驗或測量。
但這三者的區別在實務上更加微妙，並不僅單指操作環境的活體與否，它也一定程度帶有語氣強度與作者立場的暗示。關於語氣強度可參考［學術寫作］— 寫論文時對數據沒把握？談如何用適當的寫作語彙呈現論文敘述
最常見的 In vivo ＆ in vitro
In vivo的定義遠較活體嚴格，它不單指活體本身，還要求儘量貼近原始狀態的活體，這至少要求了以下幾點：
1.必須使用原先的生物，這是最基本的要求。
例如我在酵母菌中表現植物基因，這就不能算是該植物的in vivo實驗，即便酵母菌是活體也是如此。
2. 使用的生物材料、組織必須是組成完整的，比方説缺少細胞壁的植物細胞 protoplast即便有生命徵象也不是in vivo
3. 過度偏離生物原始狀態，從而導致可能與原物種有重大差異的也不算。
最常被質疑的例子就是過度表現某個基因（over expression, OE) 的表現株，由於它的表型與生理機制已經與原先正常狀態相去甚遠，且不會很自然的出現在該生物內，會被某些學者認為它不是很正規的in vivo
由以上三點可以看出想宣稱自己的研究條件屬於in vivo 是相當嚴格的，所以下次如果在好期刊上看到某個研究標題宣稱他是在in vivo完成該研究的，這通常是不得了的事情
至於那些不屬於in vivo 的，通常會直接被歸類到in vitro，我也有聽過某些老師會將較接近in vivo的情況（如前述的OE株）稱為semi-in vivo，不過這都是個人見解，寫論文時是沒有semi in vivo的寫法的
舉個例子，當我們使用免疫沉降法來沈澱交互作用蛋白質時，我們可以在in vitro條件下使用特定的抗體將目標蛋白質從溶液中分離出來。這種方法有助於研究蛋白質與其他分子之間的相互作用。
若我們在酵母菌系統轉殖與表現蛋白質也in vitro研究。因為它仍是在實驗室的環境中進行，將目標蛋白質轉殖到酵母菌中進行表現，以研究其功能和特性。
semi in vivo ＆ ex vivo
關於semi in vivo，當我們使用過度表達法（overexpression）在生物體內表達目標蛋白質時，我們雖然在in vivo環境中進行實驗，但由於表現量過高或與原始狀態有重大差異，這可能不符合嚴格的in vivo標準。
若我們真要做in vivo，我們可以通過使用相近於原始表現量的表現方式，在生物體內表現目標蛋白質。這種方法使我們能夠觀察蛋白質在其天然環境中的行為和功能，並研究其對生物體的影響。
Ex vivo 在植物學中少用，因植物具有全能性，只要給予良好條件就能發育成完整植株，所以沒有所謂 「半活體的部分組織」，多數直接分為in vivo跟in vitro，當然這也是我所看到的領域習慣。臨床跟醫學界比較多用ex vivo
關於領域內研究的評估，可以參考以下：
區別生物實驗中in vivo、in vitro 、ex vivo的意義 0916
在實驗設計時，in vivo、in vitro 、ex vivo的差異主要影響到我們能選取的對照組、對實驗方法的選擇。
比方說前述研究蛋白質交互作用的例子，若我能允許in vitro 的條件，則我就能選取各種酵母菌做實驗宿主，同樣的也能以酵母菌的各種組合來作為對照組，我的選擇會遠比in Vivo更彈性。
對實驗方法而言，in vivo 為了保持原始狀態，許多較為暴力的作法比方說強力震盪、蛋白質變性就無法使用，能採取的實驗方法就會受限，而對於實驗技巧的要求也會比in vitro更高
對於時間與材料成本來說，in vivo通常更加麻煩，而且材料要求通常也較in vitro更高，所以得花更多的心力與時間準備
也就是說，若能將實驗訂在in vitro的範疇內執行，雖然貢獻會小一些，但無論是方法選擇、時間與材料成本、實驗設計等，都會更加彈性。這也是在開始執行前，應先評估自己實驗適用哪種的原因。
關於控制組、實驗設計、管理與排程可參考以下：
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