Case 背景介紹
同事X最近在努力執行研究專案，常找我討論後續研究方向，我用白話文簡短介紹一下他的研究
同事X養了一隻 “菌C” ，這隻 “菌C” 天生可以利用 “A物質” 生產 “B物質”，只是B物質的產量很低。也因為如此，同事X想透過以下兩種方式來提高B物質的產量
- 基因改造菌C (基因工程)
- 改良菌C的飼養方式 (發酵生產策略)，比如添加某些誘導物質之類的
然而做了一系列的嘗試後，B物質的產量仍不如預期，所以他來找我討論，let’s see a part of dialogue
- 我：說說你做過的事情
- X：基因工程已經做過了，菌C理論上不會利用A物質當能量來源
- 我：然後呢?
- X：也就是菌C不會把A物質分解成更小的分子，所以他應該只會往後反應，繼續加工做成B物質，而B物質也沒有其他後續的加工反應。
- X：此外，菌C能處理這種生理功能的也只有B物質，菌C不會不做B物質。
- X：所以我給他更多的A，他應該要獲得更多的B，但是這件事情並沒有發生，我覺得很奇怪。
- 我：當然很奇怪，因為有一個點漏掉了，當然會有問題
- X：???????
大家可以思考一下奇怪的點，等等我會補上後續發展
Case 的問題所在
這個case的問題，出自考慮可能性時，缺乏一個系統化的思考框架，久而久之難免會有疏漏。也因此，在考慮可能性時，可用控制組那篇提到的 “波特五力模型” 作為思考框架，這裡再次重述一遍內容：
- 1. 供應商，也就是從上游基因/operon/前驅物
- 2. 消費者，參數影響的下游基因/reporter/產物
- 3. 替代品，本身功能/功用近似的/redundant, 同功基因/其他類似生理功能的代謝物
- 4. 競爭者，branch pathway/ transport pathway/競爭產物
- 5. 潛在進入者，加上特定條件/環境時會連帶影響到的，比方說加了某個inducer elicitor後會被誘導產出特別多的代謝物
請以你的研究目標的 “上下左右” 進行考慮，才能考慮完善。不只是這邊陳述的基因調控，代謝物的流向也是如此。
那這一次的答案，同事X考慮到了 1.4.前驅物的分解(基因工程)、2.的累積(B不會往下做)、3的替代(B的生理功能不可取代)、5.的誘導 (最一開始的策略有寫)
看起來都有考慮到，不過其實4=競爭路徑 是有漏的。4：X有考慮到了分解反應，以A為原料往上合成的產物真的只有B嗎?
Case的後續發展
let’s see the following dialogue
- 我：你確定過A不會再往上合成B以外的其他東西
- X：恩……….我確定一下，不過上級蠻有信心的應該是只會合成B吧
- 我：所以你的意思是你相信菌C只會做成B物質???
- X：……上面似乎是如此，我翻翻文獻
a week later~
- X：我找到了有趣的事情….
- 我：?
- X：有一篇做體學的文獻，做了菌C的A、B物質所有相關路徑與產物的體學，結果發現A物質根本只有一半會拿來做B物質……….
- 我：剩下的一半往上合成是吧?
- X：………..沒到那麼多，大概30幾%會以A為原料往上合成其他東西，剩下10幾%做其他事情，不過總之就是有一半左右不會去做B物質…………
- 我：恩，解決就好
Case 給我們的啟示
這個case的一加一減，雖然減的有考慮到，但是加的卻疏忽了。這種一體兩面的事情，要想考慮到並不是特別困難。那為何漏掉了呢?
這個答案可以是耐心，耐著性子順著框架一一窮舉思考的耐心；也可以是輕忽，認為所有事情都想當然爾缺乏細細鑑別的輕忽。
很多時候，答案常常已經顯現，並非我們不知道或資質駑鈍，更可能是思考框架不夠完善而疏漏了。沒關係，只要下次補上就行。
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