最近聽B學妹在抽總RNA時,遇到了一些問題一直沒辦法成功抽取,所以我就協助他看看如何解決這個問題。

由於這是一個蠻古典的實驗,做不出來大多是操作哪裡出了問題,應該是可以透過5M1E除錯框架來解決這件事情。

於是乎,我們使用了5M1E框架,為方便讀者理解,我提一下這個實驗大致上的流程圖:

  1. 粉碎組織
  2. 離心去除雜質
  3. digest DNA
  4. 各種wash
  5. RNA回溶
  6. 電泳確認RNA品質

我們嘗試了在1、3、4、6 部分的修正,然而在重複幾次實驗後,還是無法成功抽取RNA。

  • (如果這麼簡單就解決那就不用寫這篇文章了)
  • 流程圖也是實驗規劃和除錯上相當好用的工具,之後的文章會講

接下來我使用了還原現場法,親自盯著她的每一個步驟,然而RNA還是在我們的眼皮底下消失了,直到某一天…………


A學妹和B學妹聊天後,無意間發現B的電泳伏特數和她做的不一樣,成功的A是跑100V,失敗的B是跑50V

因為正常都是直覺跑100V,我們當時也沒想到會有人刻意調去跑50V的選項,就姑且試試看了。後來發現還真是這個原因,因為50V電壓小,相同時間跑得沒那麼開,所以之前看起來跑得很醜的膠其實是還未分離完全的條帶………..


這次抓蟲失敗了,不過我重新回顧這次debug,其實這次的正解並未脫出5M1E框架的指導

  1. 更改的部分確實是操作上的問題而非未知錯誤,用5M1E的前提是能成立的
  2. 這個是實驗流程上的細微更動,屬於”法”的部分。

那為甚麼這次沒抓到蟲呢?

其實就是因為這個部份太細微、太基本了,以致於我們沒有想到這有可能成為問題 (平常不會有人去改這個東西的,就像你平常刷牙不會刻意換手拿牙刷一樣的道理)

最後結論還是要用5M1E,只是當抓蟲多次都抓不出來時,真的就要細化到每個步驟、每個細節,因為每個細節都可能決定著成敗,細心謹慎又富有經驗的研究者才能發現潛藏的問題